โอโนดะได้รับการฝึกให้เป็นนายทหารข่าวกรองในชั้นเรียนปฏิบัติการพิเศษ เรียก "ฟูตามาตะ" (ญี่ปุ่น: 二俣分校) ที่โรงเรียนนางาโนะ ครั้นวันที่ 26 ธันวาคม 1944 กองทัพส่งเขาไปยังเกาะลูบัง ประเทศฟิลิปปินส์ โดยสั่งให้เขากระทำทุกวิถีทางเพื่อหน่วงมิให้ฝ่ายปัจจามิตรโจมตีเกาะนี้ รวมถึง ทำลายลานบินและท่าเรือ เขายังได้รับคำสั่งว่า ไม่ว่าในกรณีใด ห้ามมอบตัว และห้ามอัตวินิบาตกรรม

เมื่อโอโนดะถึงเกาะดังกล่าว เขาเข้าร่วมกับเหล่าทหารญี่ปุ่นที่ได้รับการส่งมาก่อนหน้านี้แล้ว ทหารกลุ่มนี้มียศสูงกว่าโอโนดะ และไม่ยอมให้เขาปฏิบัติหน้าที่ กองทัพประสมสหรัฐอเมริกาและเครือจักรภพฟิลิปปินส์จึงเข้ายึดเกาะได้โดยง่ายดายเมื่อเข้าสู่เกาะในวันที่ 28 กุมภาพันธ์ 1945 ทหารญี่ปุ่นคนอื่น ๆ นอกจากโอโนดะไม่ตายก็ยอมมอบตัว ส่วนโอโนดะนั้นหนีไปยังภูเขาลูกหนึ่งพร้อมด้วยเพื่อนทหารอีกสามคน ประกอบด้วย พลทหารยูอิจิ อากัตสึ (Yūichi Akatsu), สิบโทโชอิจิ ชิมาดะ (Shōichi Shimada) และพลทหารชั้นเอกคินชิจิ โคซูกะ (Kinshichi Kozuka)